- 2023年：國家生技醫療產業策進會「第20屆國家新創奬」學研新創獎
- 2023年：臺北生技跨域卓越優等獎
- 2022年：國家生技醫療產業策進會「第19屆國家新創奬」醫療新創獎精進續獎
- 2022年：「第32屆王民寧獎」之國內醫藥研究成果對醫藥科技發展、國民健康、國家社會及產業發展傑出貢獻獎【臨床醫學類】
- 2021年：臺北生技跨域卓越優等獎
- 2021年：國家生技醫療產業策進會「第18屆國家新創奬」醫療新創獎精進續獎
- 2021年：第65屆教育部學術獎 【生物及醫農科學】
- 2020年：國家生技醫療產業策進會「第17屆國家新創奬」學研新創獎及醫療新創獎
- 2019年：國家生技醫療產業策進會「第16屆國家新創奬」醫療新創獎精進續獎
- 2018年：亞太國際眼科學會(APAO)暨年度大會傑出眼科成就獎(澳洲)
- 2017年：經濟部「臺日生技醫藥研討會-再生醫學」演講人，受邀參與部和臺灣日本關係協會科技交流委員會「2017再生醫學訪日團」之代表，並參訪日本重要再生醫學中心
- 2017年：科技部「2017未來科技突破獎」「2017未來科技展技術團隊獎」
- 2016年：臺北榮民總醫院醫療創新獎(第一名)
- 2016年：科技部傑出學術研究獎 (第二次獲獎)
- 2015年：行政院退輔會優良醫師獎
- 2015年：生策會「第12屆國家新創奬」學研新創獎-製藥及新醫療技術組第一名
- 2014年：董大成博士癌症基礎醫學研究傑出獎
- 2014年：臺北榮民總醫院醫師學術論文獎(第一名)
- 2013年：臺灣生物化學及分子生物學會第二屆年輕學者科技發明創作獎
- 2013年：第九屆永信李天德青年醫藥科技獎
- 2013年：科技部(國科會)傑出學術研究獎 (第一次獲獎)
- 2012年：行政院退輔會臺北榮民總醫院醫療創新獎(第一名)
- 2012年：行政院退輔會臺北榮民總醫院醫療最佳論文獎(第二名)
- 2011年：「臺灣藥理會-李鎮源教授傑出研究獎」獲獎人
- 2008年：行政院退除役官兵輔導委員會臺北榮民總醫院醫療創新獎
- 2006年：行政院退除役官兵輔導委員會優良醫師獎
- 2005年：國際分子醫學影像年會-優秀青年學者獎與最佳論文獎 (德國-柯隆)
- 2004年：退輔會桃園榮民醫院優良醫師獎
- 2003年：國際幹細胞論壇研討會-最佳論文獎
- 2002年：中華民國眼科醫學會-最佳論文獎
- 2000年與2001年：中央研究院生物醫學研究所臨床醫師進修獎助學金
- 2000年：行政院退除役官兵輔導委員會臺北榮民總醫院醫療創新獎